知名製药公司-泰达罗斯（Daidalos）的总部发生了一场爆炸桉，一个少年被困在崩落的钢架中无法脱身，生命危在旦夕。此时，在以不追究无照医疗行为的条件下，黑杰克进行了一场任谁都无法想像的「外科手术」…
同一灾难引发了另一场悲剧：一位母亲身受重伤而全身瘫痪，为了不拖累子女，她找来有「死神化身」之称的奇利柯医生以求安乐死。另一方面，他的孩子为了救母亲，日以继夜打工存钱，希望黑杰克为母亲动手术。看着他们的身影，黑杰克不自觉想起自身的遭遇…
两位医师，一位要致死，一位要救命，就在秘密之岛「伊卡洛斯岛」上，黑杰克与奇利柯将展开一场生死攸关的冲击性对决。爆炸事件的内幕为何？系列史上的最大危机，正一步步向这位天才外科医生逼近！