《星战前传II：克隆人的进攻》的故事发生在《星战前传I：魅影危机（Star Wars: Episode I - The Phantom Menace）》之后的十年。此时的银河系，还有我们熟悉的主人公奥比·温（Obi-Wan Kenobi）和天行者阿纳金（Anakin Skywalker）都有了很大的变化。阿纳金已经变成有学识的绝地武士，而且是奥比·温的徒弟。这两个绝地武士被派遣去保护生命正受到分裂主义分子威胁的女参议员（第一部中曾是女王）——帕德梅·阿米达拉（Senator Padmé Amidala)。随着矛盾激化和正邪两派的冲突不断，他们必须做出不仅关系到自身命运，甚至还有整个星球前途的重大决定。